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蛋白质组学服务手册

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TMT标记定量蛋白质组学

实验简介：

TMT (Tandem mass tag)是由ThermoFisher Scientific公司研发的一种多肽体外等重同位素标记的相对定量技术，采用6、10及16种同位素的标签，通过特异性标记多肽的氨基基团，经高分辨质谱仪串联分析，可同时比较多达16种样品之间的蛋白质表达量，是定量蛋白质组学中的高通量筛选技术。

实验流程：

应用方向：

生物领域各个研究方面，如：

基础医学、临床诊断：生物标志物，疾病机理机制，疾病分型，个性化治疗等

生物医药：药物作用机理，药效评价，药物开发等

样本类型：

新鲜冷冻组织，FFPE组织，体液（血浆血清、尿液等），细胞，完整蛋白，多肽

数据分析：

鉴定与定量结果统计、差异结果统计、PCA分布图、火山图、聚类热图、GO（亚细胞定位、分子功能、生物过程）、KEGG功能分析、PPI互作网络分析、趋势聚类分析等。

技术优势：

多年从事蛋白质组的专家进行严谨科学的实验设计，确保高质量数据，达到深度的蛋白质组鉴定和定量，个性化的数据分析以及提供文章撰写参考。

定量N-糖蛋白质组

蛋白质糖基化修饰广泛存在于哺乳动物细胞和病毒，细胞内大约50-70%的蛋白发生糖基化修饰。糖基化修饰参与重要的生理病理过程，例如细胞黏附、信号传导、蛋白质稳态等。多种疾病发生发展过程重均表现出蛋白质糖链异常表达，包括癌症、神经退行性疾病、代谢异常性疾病等。糖蛋白被广泛用于疾病生物标志物，抗体药物等。

实验流程：

蛋白质经过磁珠固相酶解可去掉任意去垢剂，然后进行tmt标记，亲水相互作用富集低丰度糖肽、高pH反向分馏分、高准确质谱采集方法、自动化数据处理流程。

应用方向：

生物领域各个研究方面，如：

基础医学、临床诊断：生物标志物，疾病机理机制，疾病分型，个性化治疗等

生物医药：药物作用机理，药效评价，药物开发等

抗体药物糖链结构表征

样本类型：

新鲜冷冻组织，FFPE组织，体液（血浆血清、尿液等），细胞，完整蛋白

数据分析：

糖基化位点、位点占有率、糖链、完整糖肽定量分析。

糖基化微观不均一性分析、糖蛋白结构模拟分析等。

技术优势：

项目负责人是多年从事糖蛋白质组新技术的开发者，发展了大规模、高通量精准鉴定和定量糖蛋白质组的全套技术方法，文章发表在Nature、Nature communications、Science advances等权威期刊。将协助进行严谨科学的实验设计，确保高质量数据，达到深度的糖蛋白质组鉴定和定量，提供个性化的数据分析以及提供文章撰写参考。

定量磷酸化蛋白质组学

蛋白质磷酸化是生物体内最广泛和最重要的调控修饰之一。调节诸多信号通路进而参与调控生物体的生长、发育、逆境应激、疾病发生等多种生命过程，所以磷酸化一直是生物学研究的重点与热点。

实验流程：

应用方向：

生物领域各个研究方面，如：

基础医学、临床诊断：生物标志物，疾病机理机制，疾病分型，个性化治疗等

生物医药：药物作用机理，药效评价，药物开发等

样本类型：

新鲜冷冻组织，FFPE组织，体液（血浆血清、尿液等），细胞，完整蛋白

数据分析：

磷酸化蛋白、位点定量分析。

技术优势：

采用主流的TiO2富集方法，特异性高，富集效率好；通过高分辨率、高扫描速度的质谱，对富集的磷酸化肽段进行大规模鉴定；结合常用的定量技术可对不同样品间的磷酸化水平的差异进行定量比较。

免疫共沉淀质谱（IP-MS）

蛋白是生命活动的执行者，可以以单一分子或者复合体形式执行生命活动。免疫共沉淀质谱（IP-MS）是将样品中同抗体靶蛋白相互作用的蛋白一同随免疫复合物沉淀，然后进行质谱检测的技术。免疫共沉淀后通过质谱技术可以寻找一种蛋白在体内的相互作用蛋白。

样本类型：

Pull-down 蛋白质样本，SDS-PAGE胶或者洗脱的溶液

数据分析：

潜在相互作用蛋白列表

基于热蛋白质组的体内药物靶点鉴定

热蛋白质组分析（Thermal Proteome Profiling，TPP）将细胞热移位测定（CETSA）的原理与基于多重定量质谱的蛋白质组学相结合，CETSA基于蛋白质在受热时变性并变得不溶的原理，通过在多个温度下监测剩余的可溶性馏分，可以获得每种检测到的蛋白质的熔解曲线。该方法通过测定加药前后，不同加热温度下蛋白在蛋白溶液中的相对含量，绘制蛋白随温度变化的溶解曲线，计算蛋白聚沉50%时的温度（melting temperature，Tm），Tm在加药后发生变化的蛋白被认为是活性分子的潜在靶标蛋白。TPP经过改进后发展出一种更加高通量、更加简便的方法用于药物靶点鉴定即Proteome Integral Solubility Alteration (PISA)。PISA的方法可以在一次tmt标记实验中即可鉴定靶点蛋白。

实验流程：